Ông sinh ra tại Lima trong một gia đình người Nhật Bản; còn có tên Nhật là Fujimori Kenya (藤森 謙也, Đằng Sâm Khiêm Dã?). Fujimori đã tốt nghiệp đại học ngành kỹ thuật nông nghiệp tại Đại học Nông nghiệp quốc gia La Molina và sau đó tốt nghiệp cao học toán học tại Đại học Wisconsin ở Hoa Kỳ. Ông đã trở thành một nhà nông học giảng dạy tại Đại học Nông nghiệp quốc gia La Molina trước khi trở thành hiệu trưởng cũng như chủ tịch của Hiệp hội các hiệu trưởng đại học.